Le sanctuaire, comme dans tout temple oriental, est séparé de la nef par une iconostase ou cloison en bois recouverte d'images saintes.

Cette iconostase, destinée d'abord au couvent de Grotta Ferrata, près de Rome, est un don de la Congrégation de la Propagande à la Colonie. Il date de 1886.

Des deux chapelles latérales, celle de droite est dédiée à la "Panaghia" ou "Toute-Sainte", patronne des Congréganistes de la Sainte-Vierge, et celle de gauche à Saint Spiridion, patron de la Confrérie du même nom, à laquelle sont inscrits tous les Grecs dès leur naissance et plus d'un tiers de la population latine.

	1 - L'icône byzantine de la Vierge avec l'enfant Jésus dans les bras, et, tout au bas, Saint Spiridion et Saint Nicolas ; elle daterait du Xlle ou du Xllle siècle. On la porte en grande pompe à toutes les processions. 2 - Les trois Hiérarques : Saint Basile, Saint Grégoire de Naziance et Saint Jean Chrysostome . 3 - Saint Jean Baptiste avec ses ailes d'ange. 4 - L'Epitaphios, peinture sur bois découpée à double face, représentant l'ensevelissement du Christ ; on y voit la Sainte Vierge, Nicodème et Joseph d'Arimathie.
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Pour les offices et cérémonies, on suit presque intégralement le rite d'Athènes et de Constantinople, tout comme les colonies grecques-catholiques de Paris, de Lyon, de Marseille.

Le grec ancien reste la langue liturgique, tandis que le grec moderne parlé tend de plus en plus à disparaître de la conversation.
Ce qui facilite aux fidèles la lecture et l'intelligence des prières, c'est qu'ils ont entre les mains un missel contenant le texte original en caractères latins avec la traduction française en regard.

Les deux solennités les plus importantes, les plus extériorisées, sont :
- celle du Lundi de Pâques avec la bénédiction des campagnes
- et celle de Saint Spiridion, fête patronale de Cargèse, qui se célèbre le 12 décembre.

Le baptême est donné comme en Orient par triple immersion. Le prêtre confirme ensuite l'enfant et le communie sous l'espèce du vin à l'aide de la cuiller.

La communion est distribuée aux fidèles sous les deux espèces.

Le mariage est marqué par l'imposition des couronnes une portant des feuilles de vigne, l'autre un rameau d'olivier. Cargèse compte environ 300 paroissiens de rite grec.